重点实验室紧密围绕我国和广东省渔业生态环境可持续发展和渔业水域生态文明建设中存在的关键科技问题，立足于国内外学科发展前沿，重点开展渔业生态环境基础性、创新性、前瞻性和战略性研究及技术研发，为我国和广东省渔业生态环境保护与现代渔业绿色发展提供科技支撑。
　　  具体研究方向包括：
1、渔业生态环境长期监测与评价
　　  渔业水域生态环境监测与评价高新技术；基于地理信息系统（GIS）的渔业生态环境与资源数据管理、综合评价和安全预警的大数据平台系统；水产品质量调控、溯踪和安全风险评估技术。

2、渔业生态环境调控与修复技术
　　  养殖生态系统污染要素生物地化过程与养殖环境容量调控；多营养层次养殖与微生物调控的养殖技术体系；高效、节水、节能、节地的现代设施养殖新模式；基于生态系统水平的养殖生态环境管理技术。

3、渔业环境污染和生态毒理效应
　　  典型与新型污染物对渔业增养殖生物的急性毒性效应与迁移转化规律；基于个体、细胞和分子水平的污染物准确快速检测方法与评价方法；污染物的急性毒性、亚致死毒性和长期效应的综合评估技术。

4、渔业生物多样性和水产种质资源保护
　　  渔业种质资源变动、保护和合理开发利用技术；湿地、珊瑚礁和红树林等生态系统与渔业的关系；渔业生物多样性对气候及人类活动的响应机制；珍稀濒危水生动物基础生物学与保护技术研究。

5、海洋牧场构建与水生生物资源养护
　　  渔业生态环境特征与渔场资源补充机制；渔场形成和识别技术；生态系统水平的渔业生境和资源养护、修复和评价技术体系；人工鱼礁、牧化增殖、精准采捕于一体的海洋牧场技术体系。

6、南海外海渔业资源调查、评估与开发利用