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南海所构建完成黃鳍棘鲷染色体水平基因组图谱

撰写时间:2021-04-26 [来源:南海水产研究所 ]

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近日,中国水产科学研究院南海水产研究所遗传育种创新团队对黄鳍棘鲷基因组解析的研究取得重要进展,相关研究成果在国际知名期刊Genomics上在线发表,朱克诚副研究员为论文第一作者,张殿昌研究员为通讯作者。该研究得到农业农村部财政专项、广东省实验室项目、中国-东盟海上合作基金等共同资助。

黄鳍棘鲷是华南咸淡水区域主要养殖的鱼类之一,典型河口鱼类,肉质细嫩,味道鲜美,深受消费者欢迎。但是,长期以来,黄鳍棘鲷野生苗种生长相对缓慢,亟待开展黄鳍棘鲷生长快、抗病能力强的新品种选育;绘制黄鳍棘鲷基因组精细图谱,可为其重要经济性状的遗传解析和全基因组选择育种提供基础数据。

张殿昌研究员团队利用第二、三代测序和Hi-C染色体构象捕获技术,构建了黃鳍棘鲷染色体水平的基因组图谱,其基因组大小为806Mb,contig N50和scaffold N50分别达到2.60 Mb和30.2 Mb,利用Hi-C技术成功将90.8%的组装序列挂载到24条染色体上,鉴定出19,631蛋白编码基因,基因家族分析显示ARRDC3 和 GSTA基因家族在广盐性的鲷科鱼类中出现了大量扩张,为后续研究鲷科鱼类渗透压调节机制提供了重要参考。

论文链接:https://doi.org/10.1016/j.ygeno.2021.04.017

黃鳍棘鲷基因组序列图谱

  黃鳍棘鲷ARRDC3基因家族信息

 

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